Deve ficar bem. Tenha em mente que o bife pode ser comido cru como em bife tártaro ou yukhoe, e algumas pessoas gostam do seu bife mal cozido no exterior, ou seja, azul cozido.
As doenças de origem alimentar são mortas pelo calor, geralmente as directrizes seriam que para ser completamente seguro teria de aquecer carne até 160F, por outras palavras, bem feito. 125F (média rara) está longe de ser suficientemente quente para tornar os alimentos seguros, mas comemos sempre assim porque o risco é baixo. Com bife a maior parte do tempo as bactérias perigosas estão no exterior, e são mortas muito rapidamente pelo calor elevado. Poking steak antes do exterior ter sido cozinhado o suficiente pode transportar as bactérias para o centro da carne onde não será morto por cozedura, por isso pode valer a pena evitar fazer isso se puder.
Por isso é seguro comer, mas pode não estar suficientemente quente para o seu gosto. No futuro sugiro cozinhar à temperatura e não ao tempo, pois existem demasiados factores (espessura da carne, temperatura inicial, temperatura da panela, temperatura do ar, entrada ou saída de osso, corte, etc.) na cozedura do bife durante algum tempo para dar um resultado consistente.