Se as quiser usar na cozinha, recomendo que as ponha numa saqueta (uma pequena bolsa feita de cheesecloth/muslin atada com fio de cozinha), pois conheço algumas pessoas que não gostam de comer as flores, mas apreciam o sabor amargo que elas acrescentam a um prato.
No entanto, são comestíveis, por isso, se se verificar que gosta delas, fazem uma bela guarnição para uma salada. Eu não sou um grande fã, por isso geralmente fico com a sugestão da Martha e mantenho-as apertadas para que a planta produza mais folhas.
Quando as flores aparecem, a energia e os recursos das plantas tornam-se mais dedicados à floração, e o crescimento das folhas sofre. Como mencionado no meu comentário sobre a resposta da Martha, eu acho que quando o crescimento das folhas sofre, o sabor das folhas também sofre.
Este site recomenda colocar as flores de manjericão em azeite, sacudindo, e deixar em um peitoril de janela por um mês para fazer um azeite de manjericão leve. Nunca experimentei isto, e estou interessado, embora esteja um pouco desconfiado em deixar o azeite num recipiente transparente ao sol durante um mês. No entanto, a ideia geral parece fixe.