Ambos são milho moído (milho, como o quereriam na Europa). A diferença é que a farinha de milho é geralmente moída com uma textura muito mais fina do que a farinha de milho.
Embora em alguns contextos (como o frango panado), ambos podem ser utilizados, obterá resultados textuais diferentes. Em geral, pretende utilizar o produto certo.
Por exemplo, os queques de milho são normalmente feitos com farinha de milho, e se feitos com farinha de milho, seriam muito mais densos e sem a boca sentiriam os granulados de farinha de milho individuais.
Actualização: em alguns locais, polenta é outro termo para farinha de milho (bem como para a papa ou papa feita a partir da farinha de milho).
Masa é milho seco tratado com liofilização, que foi moído. É muito utilizado na culinária do sudoeste, central e sul-americana, incluindo para as icónicas tortilhas de milho, e para os tamales.