Isto parece-me uma questão de levedura. A contaminação por leveduras selvagens pode por vezes ocorrer em fábricas de pão depois de cozidas, e algumas delas podem produzir acetona (ou cheiros semelhantes). O sal também actua como conservante na inibição do crescimento como este, pelo que um pão sem sal pode ser mais propenso a tal crescimento.
As notas de acetona são por vezes encontradas em culturas de massa de sopa (geralmente aquelas que não estão a crescer bem). Também não me surpreenderia encontrar tais odores em grãos germinados. Alguns destes odores podem permanecer no pão mesmo depois de cozido. E é possível que as camadas exteriores do pão possam ter desprendido esses odores durante a cozedura, mas o material das camadas interiores funciona durante vários dias depois de o pão ser ensacado. Se assim fosse, no entanto, esperaria que o pão desejasse também um sabor estranho, com acetona ou notas químicas orgânicas.
Quanto à segurança, é difícil de dizer. Na maioria dos casos, isto indicaria contaminação ou pelo menos algo desequilibrado na produção do pão. Eu, pessoalmente, deitaria fora, e se encontrasse outro pão do mesmo fabricante com as mesmas características, consideraria contactá-los para ver se o podem explicar (ou, se não, que estão pelo menos conscientes do problema).