Sim, existe (geralmente) uma diferença gustativa significativa entre a mostarda de grão inteiro e a mostarda amarela normal. A textura desempenha um papel, mas é secundária em relação à diferença geral de sabor.
Digo geralmente porque há muitas variações em cada uma, e alguns extremos de um tipo podem aproximar-se de alguns extremos do outro tipo no sabor.
A mostarda amarela é normalmente muito suave, e o vinagre desempenha um papel muito forte no sabor.
A mostarda de grão inteiro é normalmente mais forte que a amarela, e o sabor do vinagre é muito menos pronunciado, se não totalmente ausente.
Em muitas situações, um tipo pode normalmente ser substituído pelo outro, embora seja uma questão de preferência pessoal, e muitas pessoas argumentarão que algumas utilizações da mostarda são apropriadas para um tipo, mas não para o outro (por exemplo, eu nunca usaria mostarda amarela como condimento para queijo e bolachas, mas usaria uma mostarda de grão inteiro para alguns tipos de queijo).